[Redacción]
Es de suma importancia como refugio de la ballena gris (Eschrichtius robustus), Especie emblemática de la Reserva y sujeta a Protección Especial
El censo de la ballena gris se viene realizando desde hace 20 años en las Lagunas Ojo de Liebre y Guerrero Negro
Ciudad de México.- De acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010, Protección Ambiental-Especies Nativas de México de Flora y Fauna Silvestres-Categorías de Riesgo y Especificaciones para su Inclusión, Exclusión o Cambio-Lista de Especies en Riesgo, debido a que por las condiciones de batimetría, temperatura y salinidad de las lagunas que conforma el área natural protegida, las ballenas migran y arriban a sus aguas cada año para su apareamiento, nacimiento y crianza de ballenatos, llegándose a contabilizar en febrero de 2015 un total de 2,305 ejemplares.
Debido a que el área natural protegida es marina en prácticamente toda su totalidad, no existen localidades ni población en su interior, siendo la pesca y el turismo de bajo impacto ambiental las principales actividades humanas, las cuales deben orientarse a la sustentabilidad para que no interfieran con el hábitat de la ballena gris (Eschrichtius robustus).
El censo de la ballena gris se viene realizando desde hace 20 años en las Lagunas Ojo de Liebre y Guerrero Negro, en el cual se ha visto un marcado crecimiento en el número de crías y adultos, lo que permite asegurar que se ha logrado salvar de la extinción a esta importante especie.
Asimismo, se tiene un registro de 130 especies de aves, de las cuales, 79 se han identificado en ambientes acuáticos naturales y antrópicos.
La Reserva representa el hábitat de especies con alguna categoría de riesgo de acuerdo con la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010, Protección Ambiental-Especies Nativas de México de Flora y Fauna Silvestres-Categorías de Riesgo y Especificaciones para su Inclusión, Exclusión o Cambio-Lista de Especies en Riesgo, tales como pelícano café, pelícano pardo, pelícano moreno, pelícano gris (Pelecanus occidentalis californicus) y ganso de collar (Branta bernicla nigricans) como especies amenazadas, así como halcón peregrino (Falco peregrinus) sujeta a protección especial.
Cabe destacar que la Reserva es sitio importante de pesca, algunas de las especies de importancia comercial que se encuentran en la Reserva son: langosta roja (Panulirus interruptus), callo de hacha (Pinna rugosa), almeja chocolata (Megapitaria squalida), almeja mano de león (Nodipecten subnodosus), almeja catarina (Argopecten ventricosus), pulpo (Octopus digueti), pata de mula (Anadara sp.), caracol panocha (Megastraea undosa) entre otras.